1994년 공립 새마을유아원에서 국공립 어린이집으로 전환하여 여주·처리·여흥어린이집의 3개 국공립 어린이집이 개원하였고, 1995년 산북어린이집이 개원하여 1999년까지 여주에는 4개의 국공립 어린이집이 존재하였다. 2000년 여주·처리어린이집이 폐원하고 2003년 여흥어린이집이 폐원하여 현재 운영 중인 국공립 어린이집은 산북어린이집이다.
민간 어린이집은 1990년 이후 매년 설립되어 현재 민간 어린이집의 수는 48개 원에 이른다. 2003년 현재, 여주의 어린이집은 국공립 1개, 법인 3개, 민간 36개, 가정 보육시설 12개로 총 52개 원의 어린이집이 운영되고 있으며, 1,569명의 원아들이 취원하고 있다.
여주의 보육시설은 민간 어린이집이 다수를 차지하고 있다. 2000년 이후 여주의 보육시설을 살펴보면 국공립 어린이집은 감소하는 반면, 민간 어린이집은 계속 증가하는 추세로 현재 국공립에 비해 민간 어린이집의 비율이 매우 높다. 국공립 어린이집의 전신은 공립 새마을유아원으로 1994년 3개, 1995년 1개 원이 설립되어 1999년까지 4개의 국공립 어린이집이 존재하였다. 그후 국공립 어린이집은 2000년에 2개 원, 2003년에 1개 원이 폐원되어 현재 1개원이 존재한다. 반면에 1993년 이후 매년 민간 어린이집의 수가 빠르게 증가하였다. 2002년 현재 여주의 국공립 어린이집의 비율은 1.8%로, 경기도 전체의 국공립 어린이집의 비율 4.5%(보건복지통계연보, 2002)와 비교하면 낮다.
