5·16 군사정변 이후 지방행정의 가장 큰 특징은 지방행정의 임무가 정치로부터 행정으로 전환했다는 것이다. 즉 지방자치단체는 지방의회 의원과 장의 선거, 의회의 조직과 운영, 장의 선임방법과 권한행사, 의회와 장의 상호관계, 주민의 지방행정에의 참여 등 이른바 지방자치에 있어서의 정치적 작용에 관심과 정력을 쏟을 필요가 없게 되었다. 이로 인하여 지방자치단체는 강력한 피라미드식 행정체제 아래서 모든 행정력을 지역개발과 행정관리의 개선 등에 쏟을 수 있었다. 이같이 제3공화국은 지방행정보다는 경제개발, 농업증산, 소득증대, 사회개발 등에 치중했고 이러한 과정에서 민주적 절차를 중요시하는 지방자치제도는 빛을 보지 못할 수밖에 없었다. 반면 능률지상주의에 입각한 행정체제가 구축됐다.
이렇듯 능률 중시의 행정체제는 강력한 중앙집권적 행정체제로 변하였으며, 이 같은 중앙집권적 행정체제는 개발행정을 추진하는 데는 능률적이었지만 부작용과 결함이 나타나기도 하였다. 즉 지나친 중앙집권적 행정형태로 지방행정단위는 독자적인 활동영역이 거의 봉쇄되었고 중앙이나 상부기관에서 획일적으로 하달하는 무수한 지시사항을 처리하는 데 급급하여 지역의 특수성을 살리거나 지역민의 여망에 부응하는 자기시책을 거의 수행할 수 없는 형편이었다.
